A Igreja Batista El Shadai nasceu em Itupeva a mais de duas décadas, tendo como objetivo cumprir o "ide" das Escrituras Sagradas, na Evangelização pura e simples.

Em meados de 1994, nascia um fruto chamado Igreja Batista El Shadai, realizando o primeiro e segundo culto na garagem da casa do pastor Wanderley Novo (pastor fundador) em Itupeva, e alguns cultos sendo alternados entre a casa do irmão Ricardo e da Pastora Onézia. 

Em 18 de junho do mesmo ano a igreja foi oficialmente iniciada, mudando para a Rua da Saúde no centro da cidade de Jundiaí, número 175. Em novembro de 1999, mudou-se novamente para a atual sede em Jundiaí, que fica na Av. Amélia Latorre, 760 - Jardim Guanabara.

 Nesse tempo de pregação do Evangelho, muitas pessoas reuniram-se para juntos aprenderem mais, Louvarem e Engradecerem o Nome de DEUS.
Diante dessa situação, observou-se a necessidade de ampliar os locais de evangelização e hoje tornou-se um Ministério, tendo mais possibilidades para  cultuar a DEUS em Jundiaí/SP(sede), Cabreúva/SP, Palmas/TO e Querência/MT.
Em 2019 a igreja comemorou os 25 anos de Ministério em Jundiaí.

Em 2023 com o júbilo do pastor Wanderley Novo, as igrejas continuaram a pregar o evangelho de forma independente, mas obedecendo sempre a voz do mestre Jesus.

A igreja é atuante também em projetos sociais com aulas gratuitas para crianças e adolescentes de artesanato.